交通运输部2016年1月27日发布了《交通运输部关于废止2件交通运输规章的决定》（交通运输部令2016年第3号）。废止这两件规章的背景是，按照十八届三中全会关于全面深化改革的总体部署，落实国务院促进外贸稳增长、规范进出口环节涉企收费的要求，我部与国家发展改革委共同开展港口价格调整改革工作，联合印发了《关于放开港口竞争性服务收费有关问题的通知》（交水发〔2014〕253号）和《关于调整港口船舶使费和港口设施保安费有关问题的通知》（交水发〔2015〕118号），缩小了政府定价范围，整合了港口收费项目、降低了港口收费标准。此外，2015年10月，经国务院批准印发的新版《中央定价目录》缩小了港口收费管理范围。以上改革措施，需要对现行的港口收费规则作较大调整和修改。因此，2015年12月29日，我部与国家发展改革委联合发布了《港口收费计费办法》（交水发〔2015〕206号），于2016年3月1日生效。2001年《港口收费规则（外贸部分）》和2005年《港口收费规则（内贸部分）》内容已不适用，需要同时废止。2015年12月15日，我部第25次部务会议审议通过废止上述两件规章。